La commission se réunit soit en formation plénière, soit en formation restreinte aux membres mentionnés aux 1° à 8° de l'article R. 6113-23. Son secrétariat est assuré par la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques des ministères de la santé et de la sécurité sociale.
Un règlement intérieur arrêté par les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale détermine les conditions de fonctionnement de la commission.