La sous-direction « énergie » exerce la mission de l'Etat actionnaire dans les entreprises et organismes du secteur de l'énergie, de la chimie, des industries et services qui leur sont associés, qui rentrent dans le champ de compétence de l'agence ainsi que l'expertise en matière financière couvrant l'ensemble de ce champ. Elle comprend un bureau chargé des groupes EDF et GDF, un bureau chargé des autres entreprises du secteur de l'énergie et participations diverses et un pôle d'expertise en matière financière.