La direction de l'office est confiée à un directeur nommé par décret sur proposition du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.
Le directeur assure le fonctionnement de l'office ainsi que la direction et la gestion du personnel.
Il prépare les réunions du conseil de direction et des conseils spécialisés.
Il applique les décisions mentionnées à l'article R.* 621-187 et rend compte de leur exécution.
Le directeur représente l'office en justice et dans tous les actes de la vie civile. Pour l'exécution des missions de l'office, il est habilité à signer les conventions prévues à l'article R.* 621-176.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'office ainsi que de celles prévues par les règlements des Communautés européennes.
Le directeur peut déléguer sa signature à des agents de l'office.