En application de l'article 3, alinéa 4, du décret du 29 avril 2002 susvisé, il est possible d'alimenter le compte épargne-temps par des jours de repos compensateurs tels que prévus par l'arrêté du 7 avril 2003 portant application à Météo-France de l'article 1er du décret n° 2000-815 du 25 août 2000 relatif à l'aménagement et à la réduction du temps de travail dans la fonction publique de l'Etat, à l'exception des repos compensateurs indemnisés et des repos compensateurs obligatoirement récupérés, et dans la limite de 16 jours par an.
Il est alimenté par périodes d'une durée minimale d'un jour, sur demande de l'agent. Cette demande doit être formulée auprès du service gestionnaire en une fois à la fin de l'année civile au titre de laquelle des jours sont épargnés et au plus tard le 31 décembre.