Le contrôle des conditions de production est placé sous la responsabilité de l'INAO.
En cas de non-respect des conditions de production ou de refus de contrôle par un opérateur, la déclaration d'aptitude est invalidée pour tout ou partie des parcelles déclarées pour la campagne en cours. On entend par campagne la période qui court du 1er février au 31 janvier.
L'invalidation de la déclaration d'aptitude se traduit par une incapacité à produire et à commercialiser sous le nom de l'appellation d'origine contrôlée « Chasselas de Moissac » les raisins issus des parcelles concernées.
La décision d'invalidation peut être accompagnée de l'obligation pour l'opérateur concerné de présenter un plan de mise en conformité des conditions de production.
Les opérateurs pourront retrouver leur capacité à produire et à commercialiser des raisins sous l'appellation d'origine contrôlée « Chasselas de Moissac », après avoir déposé auprès des services de l'INAO une nouvelle déclaration d'aptitude et apporté la preuve auprès du directeur de l'INAO que toutes les conditions de production de l'appellation d'origine contrôlée sont à nouveau respectées.
Les modalités d'organisation du contrôle des conditions de production sont définies par une convention, approuvée par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, entre le directeur de l'Institut national des appellations d'origine et l'organisme agréé de l'appellation d'origine contrôlée « Chasselas de Moissac ». Cet organisme est agréé par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, après avis du syndicat de défense de l'appellation d'origine contrôlée « Chasselas de Moissac ». Cet agrément n'entrera en vigueur qu'une fois la convention signée.