Le directeur de l'institut est nommé par décret sur le rapport du ministre de la défense. Il est choisi parmi les officiers généraux ou les hauts fonctionnaires de rang équivalent.
Le directeur est assisté d'un adjoint nommé par décret sur le rapport du ministre de la défense qui est choisi parmi les hauts fonctionnaires si le directeur est un officier général, parmi les officiers généraux si le directeur est un haut fonctionnaire.
Le directeur dirige l'institut dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il rend compte chaque année de sa gestion au conseil d'administration. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par la présente section, et notamment :
1° Il arrête l'organisation, le règlement intérieur et les règles de fonctionnement de l'institut ;
2° Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration ;
3° Il représente l'institut en justice et dans les actes de la vie civile ; il peut transiger ;
4° Il prépare et exécute le budget ;
5° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
6° Il conclut les contrats et conventions. Il en rend compte au conseil d'administration ;
7° Il a autorité sur l'ensemble des personnes suivant les différents cycles de formation ;
8° A l'exception de l'agent comptable, il exerce le pouvoir hiérarchique sur les personnels affectés à l'institut et le pouvoir disciplinaire à l'égard des agents sous contrat mentionnés à l'article R. 1132-25 ;
9° Il pourvoit aux emplois et fonctions de l'établissement public ;
10° Il prépare et soumet au conseil d'administration les projets de recommandations tendant à promouvoir les enseignements de défense.
Le directeur de l'institut peut déléguer sa signature.
(Art. 14 du décret n° 97-817 du 5 septembre 1997 érigeant l'Institut des hautes études de défense nationale en établissement public.)