La mission des Archives nationales pour l'éducation nationale, l'enseignement supérieur et la recherche est rattachée directement au chef du service. Elle est responsable, dans chacun des domaines de compétence du ministère, de la collecte, du tri, de l'inventaire et du versement aux Archives nationales des documents produits par les ministres, leurs cabinets, les services de l'administration centrale et les établissements publics sous tutelle du ministère.
Elle assure le suivi de la conservation ou de l'élimination d'archives et celui des communications de documents. Elle exerce des missions de contrôle, d'expertise et de coordination de la maîtrise de l'archivage dans le champ de sa responsabilité.