A titre dérogatoire, pour les agents occupant un emploi de secrétaire général pour les affaires régionales antérieurement au 1er janvier 2002, le montant de l'indemnité différentielle est égal à la différence entre :
- d'une part, le montant cumulé, rapporté à une année, de l'ensemble des primes et indemnités perçues au cours des trois derniers mois de leurs fonctions de secrétaire général pour les affaires régionales exercées avant le 1er janvier 2002, à l'exclusion des indemnités représentatives de frais, des indemnités à caractère familial, de l'indemnité de résidence, de l'indemnité compensatoire pour frais de transport en Corse instituée par le décret du 20 avril 1989 susvisé et des éléments de rémunération liés à l'affectation en dehors du territoire européen de la France ;
- d'autre part, le montant annuel de la prime d'activité du décret du 9 novembre 2001 susvisé perçue.