Le fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information du ministère de la défense assiste le directeur général des systèmes d'information et de communication pour le contrôle de l'application des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information. Il élabore notamment les instructions ou circulaires ministérielles particulières et veille à la cohérence des actions des autorités qualifiées. Informé de la planification des inspections, contrôles et audits, il suit l'homologation des systèmes d'information et de communication du ministère, en particulier ceux traitant des informations classifiées, des informations couvertes par les accords de sécurité internationaux ou des informations échangées dans un cadre interministériel.
Le mode de désignation et les attributions du fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information sont précisés par instruction du ministre de la défense.