Un conseil d'orientation présidé par le préfet détermine chaque année les priorités d'utilisation des ressources disponibles du fonds de développement et arrête leur ventilation, notamment entre les aides aux entreprises et les subventions aux projets publics et privés d'aménagement et de développement du territoire.
Le conseil est composé de représentants de l'Etat, des collectivités locales, et de socioprofessionnels ainsi que du directeur de l'Agence française de développement (AFD). Il comprend :
Pour l'Etat :
- le préfet ou son représentant ;
- le directeur de l'équipement ;
- le directeur de l'agriculture, de la forêt et de la pêche ;
- le représentant local du Centre national pour l'aménagement des structures et des exploitations agricoles (CNASEA) ;
- le trésorier-payeur général ;
- le directeur des douanes.
Pour les collectivités :
- le président de la collectivité départementale et deux élus de la commission permanente ;
- deux représentants de l'Association des maires ;
- le conseiller économique et social de Mayotte.
Pour les socioprofessionnels :
- le président de la chambre professionnelle et chaque président de section, puis, à mesure de leur transformation en compagnie de plein exercice, le président de chaque chambre ;
- le directeur de la Société pour le financement et le développement de la Réunion (SOFIDER) ;
- un représentant des banques de la place.