Pour l'exercice de ses attributions, la secrétaire d'Etat à la mer dispose de l'inspection générale de l'enseignement maritime, de la direction des affaires maritimes et des gens de mer, de la direction du transport maritime, des ports et du littoral, de la direction de l'Etablissement national des invalides de la marine.
Elle dispose également, en tant que de besoin, de l'inspection générale des services des affaires maritimes et des autres services, directions ou inspections générales mentionnés par le décret du 2 juillet 1985 susvisé.