Le directeur du CERIMES est nommé pour une durée de trois ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du directeur chargé de la technologie et du directeur général du Centre national de documentation pédagogique.
Le directeur détermine et conduit les actions du CERIMES en s'appuyant sur les recommandations du conseil d'orientation. Il assure la gestion administrative et technique du CERIMES.