Chaque école met en place des enseignements approfondis dans les domaines professionnels suivants : animaux de production, animaux de compagnie, équidés, santé publique vétérinaire, recherche, industrie. Les unités d'enseignement permettent l'organisation de cursus associant deux domaines professionnels.
Au cours de cette formation d'approfondissement, au moins trente crédits doivent être obtenus au sein d'une école nationale vétérinaire ou d'une structure universitaire française ou étrangère.
La formation d'approfondissement dispensée dans le domaine professionnel de la recherche est mise en oeuvre par une inscription et le suivi d'une formation conduisant à l'obtention d'un diplôme national de master à finalité recherche.