La direction de l'enseignement supérieur élabore et met en oeuvre la politique relative à l'ensemble des formations postérieures au baccalauréat relevant du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle définit les mesures nécessaires à la construction de l'espace européen de l'enseignement supérieur et, en liaison avec la direction des relations internationales et de la coopération, favorise l'ouverture internationale des formations de l'enseignement supérieur. Elle assure la responsabilité de l'organisation et du financement des formations et écoles doctorales, en liaison avec la direction de la recherche.
Elle prépare la répartition des moyens entre les établissements d'enseignement supérieur ainsi que le cadre juridique de leur fonctionnement. Elle coordonne leur développement dans le cadre de la politique des contrats uniques d'établissement dont elle assure le pilotage. A cette fin, elle est associée à la politique de la recherche universitaire.
Elle assure la tutelle des établissements publics nationaux relevant du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle exerce les compétences dévolues au ministre concernant la tutelle et la définition des projets pédagogiques des établissements de formation et d'enseignement supérieur relevant d'autres ministères.
Elle est chargée, en liaison avec les directions de la recherche et de la technologie, de la politique d'organisation territoriale de l'offre nationale d'enseignement supérieur et des activités de recherche universitaire. Elle est responsable de la politique du patrimoine immobilier de l'enseignement supérieur et assure la préparation, le financement, le suivi et l'évaluation des contrats de plan Etat-régions pour ce qui concerne les établissements d'enseignement supérieur.
Elle prépare les mesures propres à améliorer les conditions de vie des étudiants et à faciliter leur insertion professionnelle et veille à leur mise en oeuvre. Elle définit le cadre et assure l'animation des actions de formation continue des adultes organisées dans les établissements d'enseignement supérieur. Elle a en charge la formation initiale des enseignants du premier et du second degré, en liaison avec la direction de l'enseignement scolaire et la direction des personnels enseignants.
Elle élabore la politique de développement et de modernisation de la documentation et des bibliothèques universitaires.
Pour l'accomplissement de ses missions, elle fait appel, en tant que de besoin, aux compétences d'expertise et d'évaluation de la mission scientifique, technique et pédagogique.