Les commissions consultatives paritaires sont présidées par le directeur auprès duquel elles sont instituées ou son représentant.
Chaque commission élabore son propre règlement intérieur, qui doit être soumis à l'approbation du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie.
Le secrétariat de chaque commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.