La sous-direction des exploitations agricoles définit, dans son domaine de compétence, les moyens contribuant au développement économique des exploitations, à leur adaptation aux réglementations environnementales, à l'évolution de leurs structures et à leur insertion territoriale et veille à leur mise en oeuvre.
A ce titre, elle prépare les mesures de développement rural en faveur des exploitations agricoles et conduit les politiques contractuelles concernant les exploitations. Elle conçoit, veille à la mise en oeuvre et évalue les politiques agro-environnementales.
Elle conçoit, veille à la mise en oeuvre et évalue les politiques qui concourent à l'installation en agriculture, à la pérennité et à la transmission des exploitations, à leur équipement et à leur modernisation, à la maîtrise des coûts de production et des pollutions d'origine agricole, ainsi que des dispositions spécifiques en faveur des exploitations dans les zones de montagne et les zones défavorisées.
Elle élabore les orientations économiques relatives au financement de l'installation et de l'équipement des exploitations.
Elle prépare les différents statuts juridiques de la propriété et de l'exploitation, les textes relatifs aux structures ainsi qu'à leur contrôle, notamment dans le cadre des schémas départementaux des structures agricoles. Elle oriente et évalue l'action des sociétés d'aménagement foncier et d'établissement rural.
Elle contribue à la mise en oeuvre de pratiques d'agriculture raisonnée.
Elle exerce la tutelle du Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles.