Les contrôles portant sur la qualité de l'ordonnateur, l'intervention préalable des contrôles réglementaires, la réalité de la créance, la présence des pièces justificatives, l'exactitude des calculs de liquidation et le caractère libératoire du règlement peuvent être réalisés par voie de sondage.
En revanche, un contrôle exhaustif est maintenu s'agissant de l'imputation budgétaire et de la disponibilité des crédits pour les aides sous financement national ainsi que l'absence d'opposition et de l'application des règles de prescription et de déchéance pour l'ensemble des aides.