L'habilitation peut être suspendue ou retirée par le ministre de l'agriculture et de la pêche en cas de :
- non-respect de la réglementation et des instructions techniques diffusées par l'établissement public Les Haras nationaux en matière d'identification ;
- non-communication dans un délai de huit jours à l'établissement public Les Haras nationaux d'un signalement relevé ou d'un élément relatif à la pose d'un transpondeur ou de toute autre marque complémentaire apposée ;
- falsification d'un document d'identification ;
- non-déclaration aux Haras nationaux d'une substitution d'équidé ou d'une différence de signalement constatées lors d'un contrôle d'identité ;
- identification de chevaux dont l'identificateur est propriétaire ou copropriétaire ;
- erreur manifeste commise lors des opérations d'identification.