Le temps de travail peut être organisé selon des cycles différents du cycle de référence. L'utilisation de ces cycles doit être justifiée par une nécessité de service clairement établie et leur mise en oeuvre n'intervient qu'à l'issue d'une procédure d'approbation de l'administration centrale.
La planification de cycles de travail particuliers est discutée chaque année au niveau de l'établissement ou du service concerné avec les organisations syndicales représentatives du personnel et présentée pour avis au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT).
A titre exceptionnel et avec un préavis de trois semaines, la durée hebdomadaire de référence d'une semaine donnée peut être prolongée ou diminuée, à condition de prolonger ou de diminuer à due concurrence la durée hebdomadaire de référence d'une semaine ultérieure.
Les cycles de travail particuliers utilisés respectent les garanties minimales définies à l'article 3 du décret du 25 août 2000 susvisé. En tout état de cause, la durée annuelle de travail de ces cycles doit être égale à 1 600 heures maximum.