Les organismes certificateurs mentionnés au titre Ier doivent offrir des garanties d'impartialité et d'indépendance et justifier de leur compétence et de l'efficacité de leur contrôle.
Ils ne peuvent être agréés qu'après avoir été accrédités, sur la base de la norme EN 45011 en vigueur à la date de l'accréditation, par le Comité français d'accréditation ou par un autre organisme reconnu comme répondant à des exigences équivalentes. L'accréditation a pour objet de vérifier l'indépendance, l'impartialité et la compétence de l'organisme certificateur.
Les organismes certificateurs sont agréés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation, après avis de la Commission nationale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations. Il est fait mention de l'arrêté d'agrément au Journal officiel de la République française.