Sous réserve des dispositions du 3° du I et du III de l'article 33 du décret du 29 avril 2004 susvisé, le directeur interrégional est placé sous l'autorité du préfet de département où est situé son siège.
Dans le cadre des missions exercées au titre de l'article 11 du même décret, le préfet de département et, à Paris, le préfet de police exerce ses attributions sur la direction interrégionale pour la part de l'activité que ce service déconcentré accomplit dans son département.