ANNEXE
CAHIER DES CHARGES

I. - Pilotage et organisation
1.1. Projet d'établissement

Structure
Le projet d'établissement comprend une partie scientifique et technique, présentant les objectifs et indicateurs en les structurant par programmes ou projets thématiques, et une partie organisationnelle, présentant les autres éléments mentionnés à l'article 2 du présent arrêté.
Elaboration
Le projet d'établissement est élaboré en concertation avec les membres de son instance de gouvernance, les directions régionales de l'aménagement, de l'environnement et du logement et celles de l'Office français de la biodiversité, et en tant que de besoin, les collectivités territoriales et les autres partenaires du conservatoire botanique national. Son conseil scientifique est sollicité à l'occasion de l'élaboration du projet d'établissement.
Partenariats financiers
Le projet d'établissement décrit l'ensemble des partenariats que l'établissement entend établir avec ses principaux financeurs. Il fait état des orientations programmatiques pluriannuelles de l'établissement, discutées avec ses différents partenaires financiers, qui peuvent se réunir sous forme d'un comité des financeurs. Dans le cas d'un renouvellement d'agrément, il décrit les changements souhaités ou réalisés sur ces partenariats financiers.
Partenariats scientifiques et techniques
Le projet d'établissement décrit l'ensemble des partenariats scientifiques et techniques que le conservatoire botanique national entend établir avec des établissements ou structures de recherche, des gestionnaires d'espaces naturels, des associations, des jardins botaniques, et des sociétés savantes. Dans le cas d'un renouvellement d'agrément, il décrit les changements souhaités ou réalisés sur ces partenariats scientifiques et techniques.

1.2. Programmation annuelle

Le conservatoire botanique national établit annuellement une programmation scientifique et technique en cohérence avec le projet d'établissement.
Les programmes et projets peuvent être de portées géographiques variées : infrarégionale, régionale, suprarégionale, nationale ou supranationale, à une échelle biogéographique cohérente ou à celle du territoire d'agrément.
La programmation est élaborée en tenant compte des domaines d'activités listés au IV.
La programmation annuelle est mise en cohérence avec les moyens financiers mobilisables par le conservatoire.

1.3. Suivi analytique et rapports d'activités

Le conservatoire botanique national assure un suivi analytique de son activité afin de mesurer l'atteinte des objectifs opérationnels. Les indicateurs d'activités et de résultats définis dans le projet d'établissement sont renseignés dans un tableau de bord mis à jour annuellement.
Un rapport d'activités est élaboré annuellement. Un bilan synthétique des activités est produit à mi-parcours de la période d'agrément et peut contenir des actualisations du projet d'établissement et des propositions de réorientation des activités du conservatoire botanique national. Ce rapport et ce bilan sont transmis au ministère chargé de la protection de la nature. A l'issue de la période d'agrément, et en vue de son renouvellement, un bilan d'activités complet présente l'évolution dans le temps des composantes du projet d'établissement :

- gouvernance ;
- partenariats ;
- moyens financiers (fonctionnement) ;
- ressources humaines ;
- infrastructures (investissement) ;
- activités scientifiques et techniques avec mise en perspective des indicateurs précédemment définis.

Des rapports d'activités des programmes et projets thématiques peuvent être élaborés en fonction des besoins.

1.4. Conseil scientifique

Le conservatoire botanique national se dote d'un conseil scientifique dont il assure le secrétariat.
Cette instance comprend des représentants d'organismes de recherche et des personnalités qualifiées dans les différents domaines d'activités du conservatoire (cf. II). Il comprend a minima quinze (15) membres. Sa composition est décrite dans le projet d'établissement.
Les représentants de la (ou des) direction(s) régionale(s) de l'environnement, de l'aménagement et du logement et des collectivités territoriales concernées par le territoire d'agrément (à savoir les régions, la collectivité de Corse, le Département de Mayotte), ainsi que de la (ou des) direction(s) régionale(s) de l'Office français de la biodiversité assistent aux réunions du conseil scientifique.
Il est réuni au moins une fois par an.
Il est consulté sur le projet d'établissement, sur les rapports d'activités et sur le bilan synthétique à mi-parcours. Il peut être sollicité pour donner son avis sur les programmes, projets thématiques ou tout autre sujet scientifique en lien avec les domaines d'activités du conservatoire botanique national. Il peut également s'autosaisir sur des sujets sur lesquels il souhaite faire part de son avis.
Ses réunions font l'objet d'un compte rendu envoyé à ses membres ainsi qu'au ministère chargé de la protection de la nature. Toute modification dans la composition du comité scientifique pendant la durée d'agrément est portée à la connaissance du ministère chargé de la protection de la nature.

II. - Participation au réseau des conservatoires botaniques nationaux

Le conservatoire botanique national participe et contribue aux instances mises en place dans le cadre du réseau national des conservatoires botaniques nationaux.
L'ensemble des conservatoires botaniques agréés constituent un réseau structuré d'établissements travaillant sur les mêmes bases scientifiques et techniques et assurant des missions conjointes ou complémentaires. Ce réseau a vocation à couvrir l'ensemble du territoire métropolitain et ultra-marin. La coordination technique du réseau est assurée par l'Office français de la biodiversité.
Pour répondre à des politiques publiques définies à une échelle régionale ou biogéographique, les conservatoires botaniques nationaux coopèrent sous la coordination du conservatoire botanique national désigné à cet effet dans son arrêté d'agrément ou au travers d'une convention de coordination entre les conservatoires botaniques concernés.
Enfin, un ensemble d'instances sont mises en place pour assurer la coordination nationale du réseau. Le conservatoire botanique national y participe. Ces instances sont les suivantes :

2.1. Conseil des conservatoires botaniques nationaux

Le conseil est composé :

- pour chaque conservatoire botanique national, d'une personne désignée au sein de ses instances de gouvernance ou de son représentant ;
- du directeur général de l'Office français de la biodiversité ou de son représentant ;
- du directeur de l'eau et de la biodiversité du ministère chargé de la protection de la nature, ou de son représentant ; il s'assure que la coordination technique est exercée conformément aux articles L. 131-9 et L. 414-10 du code de l'environnement et fait connaître la position du ministère sur les questions examinées par le conseil ;
- du président du Conseil national de la protection de la nature ou de son représentant ;
- d'un représentant des directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, ou de son suppléant, choisi parmi les agents exerçant le suivi d'un conservatoire botanique national ; il apporte l'expérience et l'expression des besoins des services déconcentrés de l'Etat dans la mise en œuvre des actions à l'échelle des territoires ;
- d'un représentant des directions régionales de l'Office français de la biodiversité, ou de son suppléant ; il apporte l'expérience et l'expression des besoins des services territoriaux de l'office.

Il élit en son sein le président, parmi les représentants des conservatoires botaniques nationaux, pour une durée de trois ans.
Il se réunit au moins une fois par an, à la demande de son président, d'un tiers de ses membres, du ministère chargé de la protection de la nature ou de l'Office français de la biodiversité.
Le secrétariat du conseil est assuré par le directeur général de l'Office français de la biodiversité, ou son représentant.
Le conseil s'exprime sur les orientations stratégiques et les priorités d'actions collectives des conservatoires botaniques nationaux.
Les membres du comité des directions participent aux réunions du conseil.

2.2. Le comité des directions

Le comité des directions est composé, du directeur de chaque conservatoire botanique national ou de son représentant, ainsi que du directeur général de l'Office français de la biodiversité ou de son représentant.
Il se réunit au moins une fois trimestriellement et rend compte de ses travaux au conseil.
Le comité des directions définit les actions et précise le calendrier de réalisation, selon les orientations et priorités proposées par le conseil, et en assure le suivi opérationnel.
Le secrétariat est assuré par l'Office français de la biodiversité. Le secrétariat se charge de l'organisation et de la préparation des réunions du comité des directions. Le compte rendu est adressé aux membres et au ministère chargé de la protection de la nature.

2.3. Les réseaux thématiques

Des réseaux thématiques pérennes ou des groupes de travail temporaires peuvent être créés par décision du comité des directions selon les orientations stratégiques et les priorités d'actions définies par le conseil. Le conseil valide leur mandat et leur composition et désigne un animateur ou un binôme d'animateurs.
Les réseaux thématiques participent à l'organisation et à la mise en cohérence des actions à l'échelle nationale.
Ils rendent compte de leurs travaux au comité des directions.

III. - Critères d'agrément
3.1. Compétences et organisation

- le conservatoire botanique national dispose d'une équipe possédant des compétences :
- scientifiques et techniques : en botanique, phytosociologie, écologie végétale, biologie de la conservation de la flore et de la végétation, invasions biologiques, écologie de la restauration, gestion et traitement des données et de l'information géographique, gestion documentaire, communication ;
- administratives et financières : en administration, gestion des ressources humaines, comptabilité, recherches de financements ;
- il dispose de compétences internes ou mobilise des compétences externes en mycologie, lichénologie, algologie, génétiques, ressources génétiques, ethnobotanique et autres compétences en sciences humaines ;
- il est en capacité d'animer un réseau d'acteurs sur la totalité de son territoire d'agrément et sur différents groupes taxinomiques en complémentarité avec les acteurs publics et associatifs du territoire ;
- il gère un fonds documentaire et un herbier de référence progressivement intégré à son système d'information géolocalisée en lien avec le dispositif national et collaboratif des herbiers ;
- il dispose d'un système d'information qui lui confère une bonne connaissance des espèces, des végétations et des habitats sur l'ensemble de son territoire d'agrément ;
- il dispose d'une organisation, propre ou partagée, pour la conservation ex situ ;
- il dispose de compétences de formation, de sensibilisation et de mobilisation des acteurs ;
- il assure un suivi analytique de son activité permettant un suivi des financements par nature de mission ;
- il s'appuie sur des compétences scientifiques externes mobilisées au sein d'un conseil scientifique ;
- il se conforme aux stratégies et schémas nationaux et régionaux établis dans le champ de ses missions, qu'il participe, le cas échéant, à établir en coordination avec les autres conservatoires botaniques nationaux, notamment ceux dont le territoire d'agrément est limitrophe.

3.2. Conformité aux documents de référence

- le conservatoire botanique national se conforme au code de la nomenclature botanique pour l'étude de la flore, de la fonge et des algues, assurant l'exploitation des données avec le référentiel taxinomique et nomenclatural national Taxref, auquel les conservatoires botaniques nationaux contribuent ;
- il se conforme aux méthodes de la phytosociologie, et au code de la nomenclature phytosociologique (ICPN) ; il s'appuie sur le prodrome des végétations de France pour l'étude des végétations ;
- il applique pour l'étude des habitats les codes typologiques retenus et validés au niveau européen ou national diffusés dans HabRef ;
- il applique et fait appliquer les méthodes, protocoles et guides, qu'il participe à établir et qui sont validés, référencés et publiés au niveau national ou international.

3.3. Conformité au schéma national des données du système d'information sur la biodiversité

- le conservatoire botanique national se conforme au schéma national des données du système d'information sur la biodiversité et du schéma des données du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel et utilise les productions des groupes de travail disponibles sur le site de NatureFrance ;
- en cohérence avec l'habilitation des plateformes régionales du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel, pour lesquelles il constitue le référent pour la flore, la fonge, les végétations et les habitats naturels :
- il intègre les données des producteurs de données de son territoire d'agrément en leur apportant des outils et services ;
- il s'assure de la production, de la gestion et de la mise à disposition des métadonnées ;
- il gère des attributs correspondant à ceux des standards et prend en compte les référentiels utilisés dans le système d'information sur la biodiversité ;
- il participe à la gouvernance des plateformes régionales de son territoire d'agrément et permet l'échange régulier de données avec ces plateformes et la plateforme nationale ;
- il respecte les conditions de gestion, de communication et de diffusion des données du système d'information sur la biodiversité et fait part de son expérience pour éclairer les orientations définies au niveau national ;
- il s'assure de la traçabilité des données en lien avec les producteurs de données ;
- il organise et met en œuvre le contrôle et la validation scientifique des données et formalise les règles de validation dans un protocole.

IV. - Missions, domaines d'activités et activités

Les missions du conservatoire botanique national sont déclinées en domaines d'activités et en activités selon la typologie suivante :

4.1. Développement de la connaissance sur la flore et la fonge, les végétations et les habitats, aux échelles territoriales, nationales et biogéographiques.

Inventaire, cartographie, et surveillance de la flore sauvage, de la fonge, des végétations et des habitats

- animation d'un réseau de correspondants sur la connaissance de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats sur le territoire d'agrément ;
- inventaire de la flore sauvage, de la fonge et des végétations et des habitats présents sur le territoire d'agrément dans le cadre de l'inventaire du patrimoine naturel ; cette mission comprend en particulier les inventaires généraux et les inventaires permanents d'éléments rares et menacés, ainsi que leur mise à jour, qui permettent de disposer des états des lieux actualisés sur la connaissance ;
- inventaires de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats ciblés sur des secteurs spécifiques ou pour des besoins particuliers, notamment les atlas de la biodiversité ;
- veille documentaire, dépouillement et analyse de la bibliographie concernant la flore sauvage, la fonge, les végétations et les habitats présents sur le territoire d'agrément ;
- cartographie des végétations et des habitats dans le cadre de l'inventaire du patrimoine naturel ;
- suivi de l'évolution de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats ainsi que des espèces et habitats d'intérêt communautaire ;
- surveillance de l'apparition et de l'évolution des espèces exotiques envahissantes ;
- initiation et mise en place de réseaux de suivis permanents de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats.

Production de stratégies, de méthodes et protocoles

- élaboration et animation de stratégies nationale et territoriale et participation à des réseaux thématiques relatifs à la connaissance et la conservation de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats ;
- développement et validation de méthodes et protocoles d'acquisition de données pour la flore, la fonge, les végétations et les habitats, y compris les tests de terrain nécessaires ;
- développement de méthodes et protocoles pour l'évaluation et le suivi de l'état de conservation de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats, y compris les tests de terrain et la mise en œuvre de recueil de références techniques sur la biologie des espèces et leurs capacités de résilience.

Amélioration et structuration des connaissances notamment dans un cadre de recherche

- développement des connaissances taxonomiques et de référentiels pour la flore, la fonge, y compris gestion d'un herbier de référence pour le territoire d'agrément, les végétations (dont unités paysagères) et les habitats (dont interprétation des habitats d'intérêt communautaire) ;
- production et mise à jour de bases de connaissance (bioévaluation, statuts, écologie, traits de vie…) ;
- veille scientifique ;
- relations avec les universités et instituts de recherche pour impulser les travaux de recherche académique nécessaire à l'amélioration des connaissances sur la conservation, la restauration écologique, les savoirs locaux et les pratiques et pour participer à la mise en œuvre de programmes de recherche en vue d'une amélioration des connaissances (biologie des espèces, écologie fonctionnelle, outils moléculaires, sciences de la végétation…) et de la surveillance (changements globaux…).

Gestion des collections et des fonds documentaires

- gestion d'une collection d'herbiers de référence pour le territoire d'agrément ;
- gestion pérenne d'un fonds documentaire et iconographique ;
- conservation d'herbiers ou de fonds documentaires historiques d'intérêt territorial, national et international.

4.2. Gestion, diffusion et valorisation de données sur la flore, la fonge, les végétations et les habitats

Gouvernance et développement d'outils

- participation aux instances stratégiques et techniques pour la mise en place du système d'information sur la biodiversité et les plateformes nationale et régionales du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel ;
- contribution à l'animation et à l'administration des plateformes régionales du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel ;
- développement et gestion d'un système d'information flore, fonge, végétations et habitats (comprenant ses applications de saisie et de visualisation) notamment pour répondre aux besoins du conservatoire botanique national, du système d'information sur la biodiversité et du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel ;
- développement d'applications spécifiques pour la collecte, la gestion, la validation, l'analyse ou la diffusion des informations ;
- conception de dispositifs de contrôle et de validation scientifique des données.

Gestion et validation de données

- validation scientifique des données d'occurrence recueillies par le conservatoire botanique national et des productions cartographiques contenues dans le système d'information flore, fonge, végétations et habitats ;
- contribution à l'élaboration, la gestion et la mise à jour des distributions de référence des espèces de flore, de fonge, des végétations et des habitats aux échelles infrarégionale, régionale, suprarégionale, nationale et supranationale ;
- validation scientifique de données d'occurrence et de productions cartographiques compilées en dehors du système d'information du conservatoire botanique national.

Partage et diffusion des données

- transmission des données du système d'information flore, fonge, végétations et habitats du conservatoire botanique national vers les dispositifs du système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel ;
- diffusion d'une information validée et actualisée sur la répartition et l'écologie de la flore, la fonge, les végétations et les habitats.

Valorisation et publications scientifiques

- analyse et exploitation des jeux de données en réponse à des demandes spécifiques ;
- élaboration d'indicateurs contribuant à alimenter les observatoires régionaux de la biodiversité et l'Observatoire national de la biodiversité ;
- rédaction, publication et mise à jour d'atlas, de guides ou autres de synthèse sur la flore, la fonge, les végétations et les habitats ;
- valorisation des herbiers et des fonds documentaires par une mise à disposition, notamment auprès des scientifiques.

4.3. Contribution à la gestion conservatoire de la flore, de la fonge, des ressources phytogénétiques sauvages, des végétations, des habitats et des espaces, et à la restauration écologique

Accompagnement des opérations de conservation et de restauration in situ

- animation d'un réseau d'acteurs, accompagnement technique et participation à des groupes de travail pour la conservation de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats, pour la restauration écologique (y compris pour la marque Végétal local) et sur les problématiques d'espèces exotiques envahissantes ;
- appui à la mise en place de mesures réglementaires et contractuelles, de plans de gestion pour la conservation de la flore et des habitats dans les espaces naturels et semi-naturels (réseau Natura 2000, espaces protégés ou gérés, mesures agro-environnementales et climatiques…) ;
- appui aux gestionnaires d'espaces, pour la hiérarchisation des enjeux, la bioévaluation, pour le suivi, la gestion des espèces végétales, y compris les espèces exotiques envahissantes et des habitats naturels et semi-naturels, pour l'élaboration de la cartographie des habitats naturels et semi-naturels ;
- suivi des opérations de renforcement de populations, d'introduction et de réintroduction d'espèces végétales protégées et évaluation de ces opérations ;
- encadrement, accompagnement et évaluation d'opérations de restauration et de végétalisation avec des végétaux sauvages d'origine locale ;
- initiation, mise en œuvre et suivi d'actions courantes de conservation in situ ;
- développement d'outils pour la préservation ou la restauration des infrastructures agroécologiques (en particulier pour les prairies) ;
- contribution aux centres de ressources nationaux et régionaux (trame verte et bleue, génie écologique, espèces exotiques envahissantes, milieux humides, séquence éviter-réduire-compenser…).

Développement d'actions pour la conservation ex situ

- collecte et conservation de matériel végétal (semences et plants) et fongique à moyen et long termes pour les espèces au bord de l'extinction, menacées ou patrimoniales sur le territoire d'agrément ;
- production d'informations sur la germination des espèces ainsi conservées ;
- maintien des équipements pour la conservation ex situ.

4.4. Appui à l'élaboration et à la mise en œuvre des politiques publiques et de la réglementation aux échelles territoriale, nationale et européenne

Appui aux services de l'Etat et des collectivités

- élaboration et animation de stratégies nationale et territoriale de conservation de la flore, de la fonge, de leurs ressources génétiques, des végétations et des habitats ou relatives aux espèces exotiques envahissantes ;
- hiérarchisation et priorisation des enjeux de conservation à différentes échelles géographiques ;
- appui aux collectivités et services de l'Etat pour la mise en œuvre des politiques publiques d'aménagement du territoire et de protection de la nature, à travers notamment le porter à connaissance sur les enjeux de biodiversité ;
- soutien aux activités des collectivités locales visant à la connaissance, la protection et à la valorisation du patrimoine floristique (Atlas de la biodiversité communale, Contrat transition écologie, Territoire engagé pour la nature…) ;
- aide à la définition de territoires remarquables ;
- appui aux services de l'Etat sur l'inventaire permanent et continu des zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique en tant que partie prenante des secrétariats scientifiques et techniques ;
- appui sur la revégétalisation et la restauration écologique dans les projets d'aménagement.

Bioévaluation et rapportages pour les directives et règlements européens

- évaluation de l'état de conservation de la flore, de la fonge, des végétations et des habitats (dans le cadre des listes rouges notamment) ;
- évaluation de l'état de conservation des espèces et des habitats d'intérêt communautaire (rapportage au titre de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que des espèces de la faune et de la flore sauvages) ;
- évaluations nécessaires à la mise en œuvre du règlement (UE) 1143/2014 du Parlement européen et du Conseil du 22 octobre 2014 relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes, de la stratégie nationale et du plan d'action relatifs aux espèces exotiques envahissantes ;

Appui à la réglementation

- contribution à l'élaboration de la réglementation sur les espèces de flore et de fonge (espèces protégées - strictes et cueillette - espèces végétales exotiques envahissantes) et sur les végétations et habitats ;
- rédaction de plans nationaux ou régionaux de restauration et de conservation relatifs aux espèces végétales nécessitant des actions renforcées de protection ;
- rédaction de plans de lutte et des stratégies nationales et régionales de gestion des espèces exotiques envahissantes ;
- mise en œuvre et animation de plans nationaux ou régionaux de restauration et de conservation et de plans de lutte.

Avis techniques et appui à la police de l'environnement

- avis sur l'élaboration et les révisions des listes d'espèces végétales et fongiques protégées ;
- avis aux services de l'Etat sur les dossiers d'évaluation des impacts et incidences de projets, à effets notables, sur les demandes de dérogation au titre de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, sur l'état de conservation des espèces et habitats d'intérêt communautaire ou national, sur l'état initial réalisé par le maître d'ouvrage et sur la pertinence des mesures d'évitement, de réduction ou de compensation d'impact proposées vis-à-vis des exigences écologiques et des enjeux de conservation de ces espèces et habitats ;
- appui aux services de police de la nature (constat de destruction d'espèces protégées, de destruction de zones humides, contre-expertises, assistance à la rédaction d'arrêtés préfectoraux autorisant des aménagements impactant la flore, les habitats et la végétation…).

4.5. Communication, sensibilisation et mobilisation des acteurs

Communication et sensibilisation des citoyens et professionnels

- rédaction et édition de brochures, guide, flyers, créations de sites web dédiés, plaquettes et production de séquences vidéo ;
- participation à des réseaux de sensibilisation et d'éducation à l'environnement et au développement durable (hors labellisation spécifique) à destination du grand public notamment via des moyens divers (périodiques papier ou numérique, newsletter, site internet, réseaux sociaux…) ou lors de manifestations à caractère scientifique (journées du patrimoine, fête de la science…) ;
- mobilisation des citoyens à la connaissance (liée à la flore, aux habitats naturels…) via des programmes de médiation scientifique ou de sciences participatives ;
- gestion ou implication dans des infrastructures d'accueil du public (jardin botanique, muséum local, centre d'interprétation) ;
- conseil auprès des structures chargées de missions d'information, de sensibilisation et d'éducation à l'environnement sur leur territoire d'agrément ;
- communications scientifiques à l‘occasion de colloques et séminaires. Organisation de colloques et séminaires ou participation avec communication scientifique et technique ;
- valorisation des productions auprès de la communauté scientifique et naturaliste à travers le développement de publications scientifiques ;

Appui à la formation initiale et professionnelle

- production d'outils d'aide à l'identification et à la gestion des espèces, de végétations et d'habitats ;
- participation ou mise en place de formations sur la thématique des espèces végétales et de fonge, des végétations et des habitats naturels et semi-naturels, les problématiques de gestion, la restauration écologique… ;
- réalisation d'actions pédagogiques ou de formation initiale en direction de publics divers (scolaires, grand public, étudiants) en régie ou par délégation auprès d'autres organismes ;
- relation avec les organismes professionnels de formation pour impulser la formation sur la thématique flore, fonge, végétations et des habitats, les problématiques de gestion, la restauration écologique…

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