La sous-direction des infrastructures de transports ferroviaires et collectifs comprend :
Le bureau des grandes opérations d'infrastructures, qui exerce les attributions suivantes :
- pilotage, pour ce qui relève de l'administration centrale de tous les projets ferroviaires programmés par le comité interministériel d'aménagement du territoire financés par l'Agence de financement des infrastructures de transport de France. Il bénéficie à cet effet de l'appui et de l'expertise de la mission du financement des infrastructures, pour les questions d'organisation de la maîtrise d'ouvrage et de financement de ces projets ;
- suivi des questions relatives aux procédures publiques liées à la conception et à la réalisation des projets d'infrastructure et des questions juridiques relatives aux projets d'infrastructures en matière de protection de l'environnement.
Le bureau des opérations contractualisées, qui exerce les attributions suivantes :
- gestion des contrats de plan Etat-région ferroviaires ;
- gestion du contrat de plan Etat-région Ile-de-France ;
- gestion des projets de transports collectifs en site propre hors région Ile-de-France ;
- gestion des autres opérations contractualisées ;
- programmation, en liaison avec les autres bureaux de la sous-direction.
Le bureau du réseau ferré national et de la synthèse budgétaire, qui exerce les attributions suivantes :
- définition et suivi de la politique d'entretien et des grosses réparations du réseau ferré national, suivi des relations entre Réseau ferré de France et la Société nationale des chemins de fer français en ce domaine ;
- gouvernance de Réseau ferré de France ;
- tarification du réseau ferré national ;
- questions de financement du système ferroviaire ;
- décisions de retranchement ou d'incorporation de lignes du réseau ferré national.

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