La direction du budget comprend, outre le bureau des ressources humaines et des services, sept sous-directions :
La première sous-direction est chargée de la définition de la politique des finances publiques, de la politique budgétaire, de son exécution, de la synthèse budgétaire et de la coordination du contrôle financier. Elle est chargée des missions relatives aux provisions, aux accords monétaires internationaux, aux courses et à l'élevage, aux avances à divers services de l'Etat ou organismes gérant des services publics, aux avances aux collectivités territoriales à l'exception du programme relatif aux avances aux départements sur le produit différentiel de la taxe sur les véhicules à moteur. Elle est également chargée des programmes relatifs à la charge de la dette et à la trésorerie de l'Etat, et aux remboursements et dégrèvements d'impôts d'Etat et locaux. Elle est responsable des systèmes d'information de la direction.
La deuxième sous-direction est chargée de la politique salariale et de l'emploi dans la fonction publique et le secteur public ainsi que des questions de budgétisation des dépenses de personnel et des questions statutaires et indemnitaires concernant les personnels civils et militaires de la fonction publique. En liaison avec la sixième sous-direction, elle a compétence pour le programme relatif aux fonctionnaires relevant du code des pensions civiles et militaires de retraite et des allocations temporaires d'invalidité.
La troisième sous-direction est chargée des missions relatives au développement et à la régulation économiques, à la stratégie économique et pilotage des finances publiques, à la gestion et au contrôle des finances publiques, aux Monnaies et médailles, aux participations financières de l'Etat, aux prêts et avances à des particuliers ou à des organismes privés, à l'enseignement scolaire, à l'exception du programme relatif à l'enseignement technique agricole. Elle est également chargée de la mission relative à la recherche et à l'enseignement supérieur, à l'exception du programme relatif à l'enseignement supérieur et à la recherche agricole.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes en charge de l'économie, des finances, de l'industrie, du commerce, de l'artisanat, de l'éducation nationale et de la recherche. Elle est chargée de la synthèse des questions budgétaires relatives aux entreprises publiques.
La quatrième sous-direction est chargée des missions relatives à la politique des territoires, à l'exception du programme relatif aux interventions territoriales de l'Etat. Elle est également chargée des missions relatives aux transports, au contrôle et à l'exploitation aériens, à la ville et au logement, à la culture, au sport, à la jeunesse et à la vie associative, ainsi que du programme relatif à l'épargne.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes en charge de l'équipement, des transports, du logement, de la ville, du tourisme, de l'aménagement du territoire, de la mer, de la culture et de la jeunesse et des sports.
La cinquième sous-direction est chargée des missions relatives à la défense, à la mémoire et aux liens avec la nation, à la sécurité, à la sécurité civile, aux pouvoirs publics, au Conseil économique et social, à la direction de l'action du Gouvernement, à la justice, aux relations avec les collectivités territoriales, à l'administration générale et territoriale de l'Etat, à l'outre-mer, aux médias ou à leurs soutiens, au cinéma, à l'audiovisuel et aux Journaux officiels. Elle est également chargée des programmes relatifs aux interventions territoriales de l'Etat, aux pensions militaires d'invalidité, de victimes de guerre et autres ainsi qu'aux avances aux départements sur le produit différentiel de la taxe sur les véhicules à moteur.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes en charge de la défense, des anciens combattants, de l'intérieur, des collectivités locales, de l'outre-mer, de la justice, des services du Premier ministre, de la communication, des postes et télécommunications.
La sixième sous-direction est chargée de la politique de la santé, du handicap et de la dépendance, de la famille, de la protection sociale et des transferts sociaux, de l'emploi, de la formation professionnelle, de l'insertion, de l'immigration, des retraites et de la synthèse des comptes sociaux.
Elle est chargée, au sein du budget général de l'Etat, des missions relatives aux régimes sociaux de retraite, à la santé, à la solidarité, à l'intégration et au travail. Elle est également chargée des programmes relatifs au versement à la Caisse nationale d'allocations familiales, à la majoration des rentes ainsi qu'à la veille et à la sécurité sanitaires. Elle est chargée, au sein du compte d'affectation spéciale « Pensions », du programme relatif aux ouvriers des établissements industriels de l'Etat et, en liaison avec la deuxième sous-direction, elle a compétence pour le programme relatif aux fonctionnaires relevant du code des pensions civiles et militaires de l'Etat et des allocations temporaires d'invalidité.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes en charge de la santé, des accidents du travail, du handicap, de la dépendance, de la famille, de la protection sociale, de l'emploi, de la formation professionnelle, de l'insertion, de l'immigration et des retraites.
La septième sous-direction est chargée des missions relatives à l'action extérieure de l'Etat, à l'aide publique au développement, aux prêts à des Etats étrangers, à l'agriculture, à la pêche, à la forêt et aux affaires rurales, à l'écologie et au développement durable. Elle est également chargée des programmes relatifs à la sécurité et à la qualité sanitaires de l'alimentation, à l'enseignement technique agricole, à l'enseignement supérieur et à la recherche agricole. Elle est également chargée des dispositifs d'aide au commerce extérieur et, en liaison avec les première et troisième sous-directions, des appels en garantie de l'Etat. Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes en charge de l'agriculture, de l'écologie, des affaires européennes, des affaires étrangères, de la coopération, de l'aide publique au développement et du commerce extérieur. Elle assure également la coordination, pour ses aspects financiers, des travaux relatifs aux politiques européennes, à leur évolution pluriannuelle, aux modes de financement de l'Union européenne ainsi qu'à l'élaboration et à l'exécution du budget communautaire annuel.

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