L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est chargée de la gestion administrative et financière de la labellisation.
Son conseil d'administration fixe, sur proposition du directeur général de l'agence, le montant de la cotisation annuelle que chaque établissement scolaire privé doit acquitter pour bénéficier du label "LabelFrancEducation". L'agence perçoit les droits afférents à la labellisation.
L'agence collecte et instruit les dossiers des établissements candidats. Elle participe aux missions d'expertise en tant que de besoin.
L'agence élabore les outils de communication du label et participe à sa promotion. Celle-ci est assurée en ligne sur le site internet dédié mis en œuvre sous la responsabilité de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger.
L'agence peut également participer à la formation des personnels des établissements labellisés, par l'intermédiaire des Instituts régionaux de formation.