La présidence de la CPPNI est assurée par le porte-parole de la délégation des employeurs.
Le secrétariat de la commission est tenu par les services d'Armateurs de France (adresse postale : Armateurs de France, CPPNI personnel sédentaire, 47, rue de Monceau, 75008 Paris et courriel : cppni-sédentaire@armateursdefrance.org).
La commission est réunie, sur convocation adressée par le secrétariat, au moins 4 fois par an.
Elle est réunie, chaque année, autant de fois que nécessaire sur demande conjointe d'une organisation patronale et d'une organisation syndicale de salariés.
Le calendrier des réunions de négociation est fixé en fin d'année pour l'exercice suivant.
Les convocations aux réunions paritaires se font par courrier électronique.
La convocation contient l'ordre du jour déterminé d'un commun accord par les membres de la commission.
Lorsque des documents sont nécessaires à la préparation et à la tenue des réunions, ces derniers sont transmis par courrier électronique à toutes les organisations syndicales représentatives au niveau de la branche, dans la mesure du possible, au moins 5 jours ouvrés avant la tenue de celles-ci.