Conformément aux dispositions légales en vigueur, la CPPNI est composée paritairement d'un collège de représentants des organisations d'employeurs et d'un collège de représentants des organisations syndicales de salariés représentatives dans le champ d'application de la branche du personnel sédentaire des entreprises de navigation.
La parité est respectée dès lors que chacune des deux délégations est représentée.
Chaque organisation syndicale de salariés représentative dans la branche est composée d'au maximum deux représentants. La délégation des représentants des organisations patronales représentatives dans la branche ne devra pas être supérieure à la délégation de l'ensemble des organisations syndicales de salariés.
Les membres de la commission sont mandatés par chacune des organisations intéressées pour siéger et prendre position.