Le nombre maximal de réunions est fixé à 2 par an sauf à ce qu'une réunion complémentaire soit tenue à la demande de 8 des 10 voix représentées dans les deux collèges.
Les réunions de la CPNE ont obligatoirement lieu le même jour que les réunions de la commission mixte paritaire de négociation de la convention collective mareyeurs-expéditeurs. Les partenaires sociaux étant généralement les mêmes à négocier dans le cadre de ces deux structures, il n'est pas octroyé d'indemnisation complémentaire à celle prévue par l'article 1.7.2 de la convention mareyeurs-expéditeurs.
En fonction des sujets traités chaque collège peut, s'il le souhaite, se faire assister d'un expert lors des réunions.