La présidence et le secrétariat sont assurés par le collège employeur.
Le secrétariat assurera l'envoi des convocations, la diffusion des délibérations de la CPPNI. Il sera chargé de la préparation et du suivi des conventions et accords collectifs et de l'animation de l'observatoire conformément à l'article 12.8.
Les décisions de la CPPNI sont paritaires, elles font l'objet d'un accord entre le collège employeur et le collège salarié.
En dehors de la négociation d'accord, de l'interprétation et de la conciliation, le vote a lieu par collège. Les décisions ne sont adoptées que si, respectivement dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité des voix des membres présents ; s'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de la CPPNI au cours de laquelle la décision est prise par vote individuel des représentants.
Cet accord est formalisé par une délibération qui est rendue publique par le secrétariat de la CPPNI.