La CPNE comprend un collège employés et un collège employeur. Chaque collège dispose de 5 voix. La commission élit un président et un vice-président n'appartenant pas au même collège. La présidence et la vice-présidence changent de collège tous les deux. La présidence à la signature de l'accord et pour la première période biennale sera assurée par la partie patronale. Le secrétariat technique sera assuré par la partie patronale.
Les décisions de la commission sont paritaires, elles font l'objet d'un vote par collège, les décisions ne sont adoptées que si respectivement dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité simple des voix des membres présents ; s'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de la CPNE. La décision est prise par un vote individuel à la majorité simple des membres présents, à bulletin secret. Cette décision est formalisée par une délibération qui est rendue publique par le secrétariat de la commission.