Le secrétariat est assuré par le secrétariat technique paritaire, sous la responsabilité du président de la commission. Il est composé du président et du vice-président, et de deux membres de la CPNE, appartenant à chacun des collèges. Le secrétariat technique se tient au siège de l'OPCA. Les organisations membres du secrétariat technique de la CPNEFP nomment un suppléant, membre de la CPNEFP et issu de la même organisation.
Le président et le vice-président ne pourront exercer concomitamment ces fonctions au sein de l'OPCA.
Les décisions de la commission sont paritaires, elles font l'objet d'un vote par collège, les décisions ne sont adoptées que si respectivement dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité des voix des membres présents ou représentés ; s'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de la CPNE où la décision est prise par vote individuel des membres.
Cette décision est formalisée par une délibération qui est rendue publique par le secrétariat de la commission.