La CPNE comprend 20 membres, 10 représentants des syndicats patronaux et 10 représentants des organisations syndicales signataires de salariés.
Chaque organisation syndicale de salariés signataire désigne 2 délégués titulaires et 2 suppléants.
La commission élit un président et un vice-président n'appartenant pas au même collège.
La présidence n'appartient pas au même collège que celle de l'OPCA.
La présidence et la vice-présidence changent de collège tous les 2 ans.