Les sommes transférées à l'agence en application du 3° de l'article L. 2521-2 et dont l'origine ne peut être déterminée sont transférées à l'Etat à l'issue d'un délai de quatre ans après leur réception, lors de la clôture des comptes annuels. En cas de décision de restitution postérieure au délai de quatre ans, l'Etat rembourse à l'agence les sommes dues.
L'agence veille à l'abondement du fonds de concours recevant les recettes provenant de la confiscation des biens mobiliers ou immobiliers des personnes reconnues coupables d'infraction en matière de trafic de stupéfiants. L'agence peut également verser à l'Etat des contributions destinées au financement de la lutte contre la délinquance et la criminalité et au financement de la prévention de la prostitution et de l'accompagnement social et professionnel des personnes prostituées.