Lorsque, sur réquisition du procureur de la République ou sur commission rogatoire d'un juge d'instruction, les officiers de douane judiciaire procèdent à des enquêtes judiciaires, ils disposent des mêmes prérogatives et obligations que celles attribuées aux officiers de police judiciaire, y compris lorsque ces prérogatives et obligations sont confiées à des services ou unités de police ou de gendarmerie spécialement désignés.
Toutefois, ils ne peuvent procéder à des enquêtes sous pseudonyme prévues au chapitre 2 du titre VI du livre V de la troisième partie qu'après avoir été spécialement habilités à cette fin dans les conditions déterminées par le décret pris pour l'application de l'article 67 bis 1 du code des douanes.
Ils peuvent être assistés par des assistants spécialisés prévus par l'article L. 2172-1 agissant sur délégation des magistrats.