Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 le Boudouyssou » (zone spéciale de conservation FR 7200737) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/150 000 et les trois cartes au 1/50 000 ci-jointes s'étendant :
- dans le département du Lot sur une partie du territoire des communes suivantes : Belmontet, Saux ;
- dans le département de Lot-et-Garonne sur une partie du territoire des communes suivantes : Anthé, Cazideroque, Courbiac, Dausse, Penne-d'Agenais, Tournon-d'Agenais ;
- dans le département de Tarn-et-Garonne sur une partie du territoire des communes suivantes : Montaigu-de-Quercy, Valeilles.