Ce service est composé d'un secrétariat, d'un bureau d'ordre et d'emploi, ainsi que de trois unités opérationnelles dirigées, chacune, par un officier de police :
- l'unité de contrôle des trains internationaux (UCTI) ;
- l'unité d'investigation sur les filières (UIF) ;
- l'unité d'appui opérationnel (UAO).