Le régime financier et comptable de l'établissement est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 du code de l'éducation et par le décret du 14 janvier 1994 susvisé. L'Institut des régions chaudes, l'antenne de Florac et les instituts mentionnés à l'article 4 disposent d'un budget propre intégré au budget de l'établissement qui est élaboré, voté et exécuté dans les conditions définies par les articles 3, 4, 17, 19, 21 et 38 du décret du 14 janvier 1994 précité.
Le directeur de l'établissement peut désigner comme ordonnateurs secondaires, pour l'exécution de leur budget propre, les directeurs de l'Institut des régions chaudes et de l'antenne de Florac.