Le conseil comprend, outre son président et son secrétaire général :
- le président du comité permanent de coordination des inspections ;
- les directeurs généraux, directeurs et chefs de service directement rattachés au ministre ;
- le président du groupement des directeurs régionaux de l'agriculture et de la forêt ;
- le président du groupement des directeurs départementaux de l'agriculture et de la forêt ;
- le président du groupement des directeurs départementaux des services vétérinaires ;
- un représentant des établissements publics locaux d'enseignement et un représentant des établissements d'enseignement supérieur désignés par le directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
- le contrôleur financier ;
- le haut fonctionnaire de défense ;
- un directeur général de chacun des offices sous tutelle ;
- le directeur général du CNASEA ;
Un représentant du ministère de l'écologie et du développement durable participe aux travaux dès lors qu'il s'agit d'un projet dont il assure la maîtrise d'ouvrage.